Ingénieur en Bioinformatique pour l'Étude de Traductomes et du Transcriptomes H/F - CNRS

Description du Poste Les Missions Ce travail s'inscrit dans un projet financé par l'INCa qui vise à étudier les régulations traductionnelles par « ribosome profiling » dans différents systèmes biologiques, des bactéries pathogènes aux cellules humaines (saines ou cancéreuses). Cette approche permet une vision globale de la traduction de l'ensemble des ARNm de la cellule, à l'échelle du génome et résolue au codon, grâce au séquençage massif des fragments d'ARNm protégés par le ribosome. L'objectif est de comprendre les mécanismes de régulation qui se mettent en place en réponse à différents stress, ou en fonction des modifications chimiques présentes sur les ARNt et les ARNr. L'Activité L'activité de la personne recrutée se fera sous la direction scientifique du responsable du projet. Elle sera en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit générées dans l'équipe (ribosome profiling, RNA-seq, séquençage direct d'ARN) à partir de cellules humaines saines ou cancéreuses et de bactéries pathogènes. Il s'agit d'un environnement de travail riche et stimulant, qui nécessite de traiter des données variées.Ce travail sera complété par le développement et la maintenance d'outils informatiques spécifiques à l'analyse du traductome (RiboSeq) et des modifications chimiques portées par les ARN (ARNt, ARNr). Ces outils permettront une analyse qualitative et quantitative des résultats de séquençage, afin de regrouper les gènes candidats par familles fonctionnelles (clusters).Pour cela, il ou elle devra notamment :- analyser la littérature scientifique ;- identifier les réseaux de gènes impliqués dans les différentes conditions expérimentales ;- mettre en relation les profils de traduction avec les modifications des ARN ;- interroger les banques de données en ligne (KEGG, Gene Ontology, etc.).- identifier les déterminants communs expliquant les régulations observées. Votre Profil Compétences Niveau Master 2, ingénieur, avec une première expérience dans le traitement et l'analyse NGS.- Maîtriser les concepts et outils de la bioinformatique.- Maîtriser un ou plusieurs langage(s) de programmation (Bash, R, Python).- Connaissances en analyses statistiques de données « omiques ».- Des notions de biologie/génomique sont obligatoires.- Une connaissance de la detection des modifications d'ARN par séquencage direct d'ARN serait un plus, mais n'est pas obligatoire.- Des notions FAIR : gestionnaires de version (Git), de pipeline (Snakemake) et de conteneurs (Docker) seraient appréciées- Être capable de travailler à l'interface entre les biologistes et les bio-informaticiens.- Avoir un réel intérêt pour les questions biologiques.- Faire preuve d'autonomie, d'initiative et d'une forte motivation.- Niveau d'anglais entre B1 et B2.- Être organisé et consciencieux.- Très bonne aptitude relationnelle pour travailler en équipe Votre Environnement de Travail La personne recrutée intégrera l'équipe de Génomique, Structure, et Traduction (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/equipe-genomics-structure-and-translation/) spécialisée dans l'étude des mécanismes de la fidélité de la traduction chez les eucaryotes. Elle est située au sein de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) basé sur le campus d'Orsay/Gif-sur-Yvette (http://www.i2bc.paris-saclay.fr/) au coeur du plateau de Saclay et de l'université Paris-Saclay. Rémunération et avantages Rémunération entre 3237€ et 3505€ bruts mensuels selon expérience Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR9198-OLINAM-008 Secteur d'activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement Emploi type Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F) À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche